「但她自己卻被殺了。」灰原哀沉思道，「除非……」
「除非她不是真兇，而是被滅口。」工藤新一的目光變得銳利，「我們需要查查那本帳冊。」
當兩人回到臨時作為調查指揮部的公民館時，卻發現帳冊不見了。更奇怪的是，所有警員都堅稱從未見過什麼帳冊。
「不可能！明明就在證物……」工藤新一的話戛然而止。公民館的窗台上，一片櫻花瓣靜靜地躺在那裡，花瓣上放著一枚銀色吊墜。
是津島治的。
工藤新一小心地拿起吊墜，發現背面刻著一行小字：「真相在樹脂中」。
「樹脂……」灰原哀突然想起什麼，「鎮長和神代凜子指甲里的樹脂！那不是千年櫻的！」
兩人立刻趕往鎮上的植物研究所。經過比對，確認死者指甲中的樹脂來自鎮西側的一棵年輕櫻花樹，而那棵樹正好位於神代凜子的私人研究所後方。
「一切都聯繫起來了。」工藤新一的眼鏡反射著白光，「兇手先在那棵樹上取得樹脂，然後……」
「然後利用千年櫻的傳說布置現場。」灰原哀接話，「但為什麼要這麼複雜？」
「為了製造不在場證明。」工藤新一拿出手機，調出祭典當晚的錄像，「看，神代凜子在鎮長死亡時間確實在舞台上表演雅樂……但如果死亡時間本身是偽造的呢？」
就在這時，偵探徽章突然響起。阿笠博士的聲音帶著興奮：「新一！那個樹脂保存液的檢測結果出來了！裡面含有特殊的醋酸混合物，可以加速樹皮癒合！」
工藤新一的眼睛亮了起來：「果然如此！神代凜子提前三天在千年櫻上刻下『神』字，用這種藥劑處理，讓它在案發時看起來像是新刻的。而真正的謀殺發生在更早時間，在鎮西的櫻花樹下！」
「所以文件館的密室……」灰原哀思索著。
「是障眼法。神代凜子很可能自己鎖上門，然後被真兇襲擊。她留下的#039神#039字也許不是指神主，而是想寫完『神木』二字。」
暮色再次降臨櫻町，破案的拼圖逐漸完整。但當工藤新一和灰原哀準備返回公民館時，一個熟悉的身影擋在了巷子口。
津島治倚在牆邊，月光為他扎著小辮子的黑髮鍍上一層銀邊。
「推理得很精彩嘛。」他拍著手，臉上帶著捉摸不透的笑容，「不過你們確定要看透全部真相嗎？有些黑暗……一旦看見就再也回不去了哦。」
「少裝神弄鬼了。」工藤新一冷冷地說，「你和這些命案有什麼關係？」
「關係？」津島治歪著頭，像在思考一個有趣的問題，「也許我只是個觀眾？或者……」他的目光突然變得銳利，「是個提醒你們遊戲規則的人。」
他向前一步，海藍色的眼睛在黑暗中異常明亮：「記住，小偵探，不是所有穿黑衣的人都在為同一個目標行動。有些烏鴉……只為自己歌唱。」
說完，他將一個東西拋向工藤新一。工藤新一下意識接住——是那本失蹤的帳冊。
「好好享受解謎的樂趣吧。」津島治轉身走入黑暗，聲音漸漸遠去，「我們還會再見的……在下一個命案現場。」
灰原哀緊緊抱住自己的手臂：「他到底想幹什麼？」
工藤新一翻開帳冊，第一頁上貼著一張老照片：年輕時的神代凜子站在櫻花樹下，身旁是一個戴眼鏡的男性，兩人中間是個小男孩。照片背面寫著：「給康介，永遠不要忘記你的真實身份。」
「這是……」灰原哀倒吸一口冷氣。
「鎮長藤原康介是神代凜子的兒子。」工藤新一的聲音沉重，「而這一切，恐怕都源於二十年前的一樁舊案……」
「果然不一樣。」柯南指著屏幕上兩條分叉的曲線，「千年櫻的樹脂含有特殊的礦物質成分，而這種年輕櫻花樹的樹脂酸性更強。」
灰原哀調整著顯微鏡：「更關鍵的是氧化程度。死者指甲里的樹脂氧化程度很低，而千年櫻刻痕處的樹脂……」她切換樣本，「已經深度氧化，至少暴露在空氣中三天以上。」
柯南的眼鏡反射出一道冷光：「神代凜子提前在千年櫻上刻下『神』字，用她特製的樹脂保存液加速癒合，然後在案發當晚刮開表層，讓它看起來像是新刻的。」
「但為什麼？」灰原哀皺眉，「如果只是為了製造不在場證明，有更簡單的方法……」
柯南翻開那本津島治「歸還」的帳冊，指向一張泛黃的照片：「因為這一切都與二十年前的秘密有關。看這個站在神代凜子旁邊的男人——佐藤明，著名的植物學家，二十年前在櫻町離奇死亡，官方說法是實驗事故。」
照片背面的日期顯示拍攝於佐藤明死亡前一周。柯南翻到下一頁，那是一份手寫的研究筆記，標題為《櫻花樹脂抗癌成分的提取與純化》。